南京农业大学研究生院是南京农业大学下属的研究生教育机构，也是我国农业领域重点院校之一。其致力于培养具备高水平科技创新能力和较强实践能力的研究生，积极参与国内外重要科研项目，在推动农业科技进步，提升农业民生水平方面发挥着重要作用。
截至目前，南京农业大学研究生院设有博士、硕士培养学科共22个，其中涵盖了植物学、生物工程、资源环境与城乡规划等多个领域。
南京农业大学为了更好地推动研究生教育发展，不断优化学科设置、完善教学体系。积极提高研究生创新能力，目前全校通过设立研究生导师制度、科研项目等方式，鼓励和培养研究生在科委创新立项、国际合作及技术转移等领域开展实践性科研活动。此外，学校建立了良好的产学研合作机制，与中科院、谷歌、碧桂园等企业开展联合实验室的建设和技术成果转化，为农业民生事业、乡村振兴等领域发展提供智力支持。
南京农业大学研究生院以自身科研及人才优势，服务国家增加农业生产、改善生态环境、加强农村社会建设，乃至推动国家发展的积极角色，备受社会各界瞩目。